歴史
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起源
日本語の起源は明らかでない。いくつかの理論仮説があるが、未だに総意にいたらない。朝鮮語は、文法的近似性は認められるが、語彙が大きく異なるため、討論は続く。朝鮮半島の死語である高句麗語や百済語などには共通点があるが、データが非常に限られているため確かなことは言えない。音韻体系や語彙はむしろ、南方系のオーストロネシア語族との近似が見られるが、どういう関係があるかまだ分かっていない。

日常生活の語彙は変化しにくいことから、現在では南方言語を基層とし、北方系のアルタイ語族の文法が混交し、さらに弥生時代以降朝鮮系の言語が流入して日本語が形成されたと考える説が一般的であるが、確かではない。これは生物学的手法などから見た日本人の構成とも整合する。他にもシンハラ語やタミル語との関係がある説も存在するが、多くの学者に認められない。とにかく、日本語の起源の解明はいまだ解決を見ていない。

大野晋は日本語の多くの語彙がタミル語に由来するという説を唱えているが、比較言語学の方法上の問題から賛否両論があり、未だに解決を見ていない。（詳細はタミル語を参照せよ。）

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古来の日本語
日本語では、かつて中央で使用されていた語彙が地方に残るという現象が認められる（これを方言周圏論または周圏分布と呼び、柳田国男が蝸牛考で指摘している）。そのため、方言と古文献を調べることによって、かつての日本語を再現する研究が行われている（比較言語学）。

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音韻変化
橋本進吉が再発見した上代特殊仮名遣から推測して、多くの学者は、奈良時代以前の日本語は8母音であった、とする（8母音を初めて発見したのは、本居宣長の弟子石塚龍麿であった）。『記紀』や『万葉集』などの表記を調べると、イ・エ・オにはそれぞれ甲類・乙類の発音があったようで、この8母音は平安時代には消失した。しかし、日本語の語彙における母音の出現の仕方は、ウラル語族・アルタイ語族の母音調和の法則によく合致するとされる。

戦国時代に当時の日本語の発音をそのままローマ字化した『伊曽保物語』（『イソップ物語』）が作られており、これにより当時「は行」の文字を「Fa, Fi, Fu, Fe, Fo」で転写されているため、「ふぁ、ふぃ、ふ、ふぇ、ふぉ」に近い発音であったことが分かる。なお、奈良時代（もしくはそれ以前）の「は行」の子音の発音は「p」であったと見られる。平安時代以降、語中語尾のハ行がワ行に変化するハ行転呼が起こっている。またジ・ヂ・ズ・ヅの四つ仮名も異なるローマ字が使われており、古くは別々の音価をもっていたことが分かる。また「セ・ゼ」は「xe, je」で表記されており、現在の「シェ・ジェ」であったことも分かっている。

鎌倉時代・室町時代には連声の傾向が盛んとなった。連声とは音節末子音と次音節の母音が結びつくもので、例えば銀杏は「ギン」+「アン」で「ギンナン」、雪隠は「セツ」+「イン」で「せっちん」となる。助詞「は」においても「人間は」は「ニンゲンナ」となり、「今日は」は「コンニッタ」となった。またこの時代に拗音が日本語の音韻として確立している。さらに長音が生じたが、現在の「オー」にあたるオ段長音には「あう」で表記された開口音[ɔː]と「おう」で表記された合口音[oː]の区別があった。

江戸時代になると、ハ行の音価がフを除いて[f]から[h]へと代わった。「セ・ゼ」は関東音であった/se, ze/が標準音となった。また四つ仮名の区別が失われ、合拗音「クヮ・グヮ」が直音「カ・ガ」に統合された。オ段長音の2種類も統合された。

現代になるとガ行の語中音であった鼻濁音が失われ、語頭と同じ破裂音の[ɡ]か摩擦音の[ɣ]に取って代わられつつある。また外国語（特に英語）の音の影響でシェ・チェ・ジェ・ティ・ディ・デュ・トゥ・ドゥ・ファ・フィ・フェ・フォ・ツァ・ツェ・ツォ・ウィ・ウェ・ウォといった音が定着しつつある。

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表記
平安時代には、漢字をくずした「かな」が考案され、それを用いた国風文学が興隆した。仮名は和歌を書くときや、漢文の訓点をつける際に利用され、発達した。仮名については今日変体仮名と呼ばれる複数の方式があった。

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近現代
明治に至るまで、日本語は比較的安定した言語であったが、維新後、日本語は幾つかの変化を経験している。たとえば、外国から文物が流入し、外来語の多用は避けられなくなった。主に英語経由の語彙が(第二次大)戦後日常的に使われるようになった。

また、台湾や朝鮮半島などを併合し、皇国化を強化するため学校教育で日本語を国語として採用し、いわゆる満州国にも日本人が数多く移住した結果、これらの地域では日本語が有力な言語になった。そのため、日本語を解さない主に漢民族や満州族向けに簡易的な日本語である協和語が用いられていたこともあった。台湾や朝鮮半島などでは、現在でも高齢者の中には日本語を解する人もいる。さらに、明治から戦前にかけて、日本人がアメリカ・メキシコ・ブラジル・ペルーなどに移住しており、これらの地域では移住者やその子孫が日本語を継承している場合もある。近年ではこれが逆転し、海外から日本への渡航者が増え、日本企業との商取引も飛躍的に増大したため、国内外に日本語教育が普及し、国によっては第2外国語などとして外国語の選択教科の1つとしている国もある。このため、海外で日本語を学ぶことが出来る機会は増えつつある（世界の日本語教育、および本名 [ほか] (2000)を参照せよ。）

明治に西洋のナショナリズムを輸入し「富国強兵」をするため、他のヨーロッパ諸国と同じように方言を廃止し、国語を統一化するため、政府は標準語を策定し方言をやめるよう教育した。また、民間では書き言葉を口語化する言文一致運動が行なわれ、その結果として従来使われてきた漢文調の文体に代って、今日広く用いられているような文体へと変化がはじまった。

日本の近代化と共に行なわれた当時の国語表記の改革運動については賛否両論がある。明治以来、表音主義に基づいた漢字・仮名遣いの簡易化または漢字の廃止、アルファベットの採用などが何度も提唱され、その度に議論が繰り返された。また、日本語廃止論も論じられ、明治初頭に後の初代文部大臣・森有礼が英語、終戦直後に「小説の神様」・志賀直哉がフランス語に代替せよと主張したことは大変有名である。戦前・戦中までは歴史的仮名遣が規範とされ、漢字の字体と共に体系的な整備が続けられていた。

しかし、太平洋戦争降伏後にGHQによる占領下の日本で第一次アメリカ教育使節団報告書に基づき行なわれた国語国字改革による漢字制限で「当用漢字」・「現代かなづかい」（のち「常用漢字」・「現代仮名遣い」に改訂）・「教育漢字」が内閣から告示され、従うべき規範として一般社会に受け入れられた。また、これにより、まぜ書きという新たな表記がはじまった。

国語国字改革については今日も一部の文学者・国語学者などの間に強い批判が存在し、従来の表記を守っている人も少数ながら残っている。一方で、新しい表記は既に定着した、とする意見も強い。

現代の日本語には、ら抜き言葉などのような変化が見られる。報道・交通機関・通信技術の発達により、新語は以前より早く広まるようになっている。